原始传奇玛雅神殿共六层，层数越高，进入门槛和首领强度越高，掉落档位也越好。一层要求角色低于1转，二层要求仅1转，三层要求仅2转，四层要求仅3转，五层要求仅4转，六层要求仅5转；进入任意楼层都要消耗玛雅卷轴，卷轴可从商城或日常精英挑战获取。
一层和二层适合前期打基础装备，主要目标是极品装备、职业可用散件和稀有材料，不建议为了冲层强行挑战。角色尚未转生时优先刷一层，战士要保证生命值和防御能够扛住首领连续攻击，法师保持远程输出距离，道士先召唤神兽再补毒和治疗。进入前至少准备两组以上恢复药，背包预留装备格，避免打出装备后因满包无法拾取。
三层和四层属于中期打宝区，掉落价值明显高于低层，适合已经完成2至3转、能够稳定单挑同层首领的角色。三层重点看职业武器、衣服、首饰和稀有材料，四层则更适合组队处理高血量或高伤害首领。单人挑战时不要同时引多个首领，先清理周围小怪，再利用墙角、障碍物或远程距离分割目标；法师不要站桩硬吃技能，道士不要只依赖神兽承伤，战士则应保留位移或控制技能应对残血反击。
五层和六层是玛雅神殿的高收益区域，主要追求高阶武器、高阶首饰、极品装备和稀有材料，越深层越适合高转生角色或固定队伍挑战。五层要求仅4转，六层要求仅5转，达到条件后再进入对应楼层，不要把低战力角色带入高层消耗卷轴。队伍配置上，战士负责贴身承伤和控制，法师负责集中爆发，道士负责施毒、治疗和辅助；首领刷新后先确认归属和队伍输出，再决定是否继续消耗药品，抢不到归属时及时转移目标通常比原地硬耗更划算。
玛雅神殿并不是每层固定只爆某一件装备，实际奖励以首领归属、掉落表和所在区服设置为准，公开资料能够确认的是六层均有首领，击杀后可获得极品装备与稀有材料，高层的装备档位和稀有掉落机会更高。常见错误是把其他传奇版本的四层规则、等级门槛或指定装备清单直接套用到六层玛雅神殿；进入前应先打开地图入口查看本层首领列表和剩余刷新状态，再根据自身转生等级、输出速度和药品储备选择楼层。