如果只准备通关一周目，优先走梅鲁线；如果想看完整人物关系，建议按梅鲁→千语→凯的顺序分三周目完成。风色幻想6的路线主要由第一至第五章结束时的羁绊对话决定，不是由战斗胜负、等级或装备直接决定。第六章烟火大会会比较三名角色的羁绊值，达到3点或以上即可进入对应路线；三人都未达到3点时，会进入梅鲁线的特殊坏结局。最稳妥的做法是从第一次羁绊对话开始就固定选择目标角色，不要在临近第六章时临时更换。
梅鲁线的操作最简单，第一章、第二章、第三章、第四章和第五章的羁绊对话全部选择梅鲁即可。前两章选择梅鲁各增加1点，第三章继续选择后通常已经达到3点，后两章保持同一选择可以避免其他角色追平。梅鲁线适合第一次接触游戏、希望路线条件最宽松的玩家，剧情重点是梅鲁自身的成长，以及费特和13之间的关系，最终战前也会进入与梅鲁相关的救援分战。若前面已经混选，只要梅鲁的数值仍达到3点，仍可在第六章进入梅鲁线；为了避免判断失误，不建议依靠临界数值赌路线。
千语线必须从第三章开始连续选择千语，第一章和第二章即使选择千语也不会增加有效羁绊值。具体走法是第三章、第四章、第五章结束时全部选择千语，三次各计1点，正好达到第六章的3点门槛。千语线适合想了解黑曜秘密、月长村事件以及千语与幽坠关系的玩家。最容易出现的误区是前两章为了看角色对话而选择千语，之后又在第四章改选其他人，这样第六章可能无法达到路线条件；如果已经错过第三章选择，直接读回第三章羁绊对话最稳妥，不能只靠最后一次选择补足。
凯线按每章结束都选择凯即可稳定进入，第一章至第三章连续选择凯就能达到3点，第四章和第五章继续选择凯可以锁定结果。凯线适合想补全战争恐惧症、阿斯法与爱丽斯兄妹关系及其过去的玩家，最终章前的分战也会改为协助凯和阿斯法救回爱丽斯。三条路线的主线战斗基本不因选择对象而改变，所以无需为了路线专门刷等级或重配装备；真正需要保留的是进入羁绊对话前的存档。完成一条路线后，下一周目只需更换目标角色，按照对应章节连续选择即可，不必重新研究战斗流程。